Po wejściu w zakładkę „Ustawienia” w menu bocznym znaleźć można opcje pozwalające na skonfigurowanie i dostosowanie parametrów systemu JSA do indywidualnych potrzeb instytucji lub jednostek. Parametry te podzielone są na trzy grupy i umieszczone zakładkach „Ogólne”, „Parametry wyniku” oraz „Wykluczenia tekstu”.
Ustawienia składają się z trzech zakładek:
1. Ogólne
2. Parametry wyniku
3. Wykluczenia tekstu
Należy pamiętać, że zmiany Ustawień są również dostępne dla uczelni, które decydują się na prowadzenie większości badań za pośrednictwem integracji REST API.