W zależności od tematyki prac dyplomowych na różnych kierunkach np. inżynieryjnych, ekonomicznych czy dotyczących zagadnień prawnych wskazana jest zmiana ustawień domyślnych:
1. poziom podobieństwa (w skali od parafrazy do kopii),
2. progów stopnia podwyższonego i wysokiego PRP (dopuszczalne progi procentowe) oraz
3. dodanie wykluczeń tekstu (np. formuły, definicje, teorie, oświadczenia, kwestionariusze).
Wskaźniki te dopasowuje Administrator JSA danej uczelni/wydziału.

Po wejściu w widok tekstu pracy wraz z zaznaczonymi podobieństwami można swobodnie przechodzić pomiędzy fragmentami tekstu oraz bazami referencyjnymi za pośrednictwem zakładki Podobieństwa po lewej stronie ekranu.

Po kliknięciu na wybrane źródło podobieństwa rozwija się lista fragmentów z tego źródła. Za każdym razem, gdy przeglądany jest oznaczony fragment w widoku tekstu pracy znajduje się pomocny szary pasek funkcyjny.

Wykluczenie fragmentu można wykonać na dwa sposoby:

  1. poprzez kliknięcie przycisku „Wyklucz z wyniku” na szarym pasku funkcyjnym, lub
  2. poprzez kliknięcie w granatowy kwadrat znajdujący się przy danym fragmencie.

Po odznaczeniu fragmentu pojawi się okno, w którym należy podać powód wykluczenia np. informację o zapożyczeniu zasadnym. Zapisanie komentarza do wykluczenia skutkuje wykreśleniem podobieństwa oraz usunięciem kolorowego podkreślania w tekście pracy. Okrągła ikonka z literą „i” informuje o komentarzu, zaś dla całego źródła granatowa ikona wyświetla znak „-” informujący o częściowym wykluczeniu podobieństw. Komentarz można wprowadzić ręcznie lub wybrać z listy proponowanych, najczęściej używanych w systemie.

Istnieje również możliwość wykluczenia wszystkich fragmentów z danego źródła oraz wykluczenia wszystkich możliwych cytowań lub kopii w danej bazie referencyjnej. W tym celu należy kliknąć w granatowy kwadrat znajdujący się przy źródle podobieństwa.
Po wpisaniu komentarza dotyczącego powodu wykluczenia wszystkie fragmenty automatycznie zostaną wykreślone, pojawi się ikona komentarza, a fragmenty nie będą już wyświetlane z kolorowym tłem w tekście pracy.

Po zakończeniu pracy na Raporcie należy kliknąć przycisk funkcyjny „Przelicz wyniki”. Wskaźnik PRP zostanie zmieniony zarówno w wynikach ogólnych jak i w wynikach danej bazy referencyjnej, której wykluczenia dotyczyły. Informacja o wykluczeniach zostanie również umieszczona na wydruku raportu.

Istnieje również możliwość podejrzenia komentarza wykluczenia, jak również jego zmodyfikowania. W tym celu należy odnaleźć żądany fragment i kliknąć na niebieski znacznik informacyjny obok wykluczonego tekstu lub na przycisk „Powód wykluczenia” .