Po wejściu w zakładkę „Ustawienia” w menu bocznym znaleźć można opcje pozwalające na skonfigurowanie i dostosowanie parametrów systemu JSA do indywidualnych potrzeb instytucji lub jednostek. Parametry te podzielone są na trzy grupy i umieszczone zakładkach „Ogólne”, „Parametry wyniku” oraz „Wykluczenia tekstu”.
Ustawienia składają się z trzech zakładek:
1. Ogólne
2. Lista ustawień badania
3. Parametry wyniku
4. Wykluczenia tekstu
Należy pamiętać, że zmiany Ustawień są również dostępne dla uczelni, które decydują się na prowadzenie większości badań za pośrednictwem integracji REST API.