JSA jest także system nieodpłatnym i wspólnym dla wszystkich uczelni w kraju, gwarantując tym samym jednolite metody badawcze, które działają na jednorodnym zestawie danych odniesienia. Jedną z zalet systemu jest zapewnienie jednakowych standardów badania antyplagiatowego wszystkim instytucjom nadającym tytuły zawodowe oraz stopnie i tytuły naukowe.
Korzystanie z systemu zapewnia standaryzację badania antyplagiatowego w odniesieniu do jednakowych baz referencyjnych i według tych samych algorytmów, co jednocześnie zapewnia równe traktowanie wszystkich dyplomantów.
Wśród zalet systemu można wymienić jego ciągły rozwój. Zespół analityków i deweloperów pracuje niezmiennie nad doskonaleniem i rozwijaniem funkcjonalności. Obecnie w planach na przyszłość jest m.in. podłączenie nowych baz referencyjnych (baza instytucji, wyszukiwarka Bing, baza dokumentów wykorzystywanych w postępowaniach awansowych). Wychodząc na przeciw potrzebom uczelni istnieje możliwość dopasowania ustawień parametrów na poziomie całej uczelni lub pojedynczych jednostek. W zależności od typu prac bronionych na uczelniach można określić progi tolerancji wyników oraz wrażliwość systemu na wyszukiwane podobieństwa.
Dzięki ciągłej weryfikacji doświadczeń użytkowników i dostosowaniu budowy interfejsu system jest bardzo intuicyjny i łatwy w obsłudze. Aktualnie trwa również dostosowanie systemu do potrzeb osób niepełnosprawnych.
W celu wsparcia uczelni, które posiadają wewnętrzne systemy obsługi administracyjnej, JSA udostępnia możliwość zintegrowania się systemów i wspólnej obsługi procesu badania antyplagiatowego. Prace przesłane przez system uczelniany są jednakowo widoczne w interfejsie użytkownika, dzięki czemu w razie potrzeby każdy promotor może pracować na wyniku zgodnie ze swoimi upodobaniami.
System JSA jest wyjątkowo bezpieczny. Uprawnienia do dostępu weryfikowane są poprzez numery UID z systemu POL-on, a pliki wgrane w celu badania nie są przez system przechowywane.