Praca badana w systemie JSA nie jest pobierana do żadnej bazy referencyjnej, a zatem nie ma najmniejszego ryzyka, że druga próba badania wykaże wysokie PRP i autoplagiat względem poprzednio badanego pliku.
Do momentu opublikowania pracy dyplomowej w Internecie lub wgrania do bazy ORPPD (jako pracy obronionej) nie będzie się ona znajdować w źródłach, które są przeszukiwane przez JSA w poszukiwaniu plagiatu. Bazy referencyjne, które są przeszukiwane przez system JSA to baza aktów prawnych, polski Internet i elementy światowego Internetu oraz ORPPD.