Struktura Instytucji w systemie JSA jest zależna od danych wprowadzonych w systemie POL-on. JSA pobiera z POL-on 2.0 również jednostki utworzone po 01.10.2019r.
Oznacza to, że wydziały (w nowej, technicznej formie przewidzianej w POL-on 2.0) nie są kasowane. JSA będzie je wciąż pokazywać, nie będą one jednak aktywne, a po ich nazwie następować będzie dopisek "(nieaktywny)". Jednostki takie będą spełniały funkcję techniczną.
Aktualizacja struktury instytucji następuje automatycznie przy każdorazowym logowaniu Administratora POL-on do systemu JSA.